甘肅衛生職業學院中醫藥學院成立于2018年11月，設有中醫系、藥學系兩個系部。藥學系有中藥學、藥學2個專業，中藥學專業創建于1953年，藥學專業創建于2002年。

藥學系現有專兼職教師42人，其中教授3人、副教授 12人，碩士研究生12人,“雙師型”教師21人，占教師總人數的50%。有實驗實訓指導教師4人，行業兼職教師21人。根據專業建設需要，設有中藥綜合、藥學綜合、藥理學3個學科組，負責系部教學、科研和課程建設工作。

藥學系現有教學班級39個，其中中藥學專業10個班，藥學專業29個，在校學生總人數1286名。

多年來，藥學系在人才培養過程中實施“教學做一體”的教學模式，突出學生實踐能力、職業素養和人文精神的培養。 長期與甘肅省人民醫院、甘肅省第二人民醫院、甘肅省第三人民醫院、蘭州大學第一醫院、蘭州大學第二醫院、甘肅省中醫院、甘肅中醫藥大學附屬醫院、甘肅省腫瘤醫院、甘肅省婦幼保健醫院、蘭州市第一人民醫院、蘭州市第二人民醫院、甘肅至仁同濟健康文化產業控股集團、德生堂、惠仁堂、眾友藥業、蘭州佛慈制藥廠、蘭州制藥廠、九州通藥業、蘭州新區科文旅集團、杭州艾博、武漢五景、深圳太太等20多家知名醫院和藥企建立“院企合作、工學結合、產教融合”的人才培養模式，進行教學見習、頂崗實習，為學生的學習和就業奠定了良好的基礎。

長期以來，藥學系一直重視實驗室建設，現有藥學實訓大樓一棟，規劃建設“六中心一展館”，包括中醫藥文化博覽館、藥物固體制劑GMP模擬制藥車間、藥理學實訓中心、中藥及藥物化學實訓中心、藥物分析實訓中心、中藥理化性狀鑒定中心、中藥炮制及調劑中心、靜配中心。有精密儀器室、分析天平室、提取分離操作室、實訓室和準備室，配備有高效液相色譜儀、薄層掃描儀、紫外分析儀等儀器設備。完全能自主完成基礎課、專業基礎課、專業課的實驗教學。

藥學系的培養目標，旨在德智體美勞全面發展，具有良好的職業素質、人際溝通與交往能力、嫻熟的藥學實踐技能，能夠在各級各類醫療衛生機構和行業從事藥品生產、質量管理、維護、營銷、調劑、用藥指導的技能型藥學專業人才。